что такое одексированные (odex), деодексированные (Deodex), Zipalign прошивки

Любой файл с расширением «APK» (файл системного приложения) в обычной прошивке сопровождается файлом с расширением «ODEX». Часть приложения содержится как раз в этом файле. Поэтому любое изменение самого «apk» файла должно сопровождаться соответствующей правкой файла «ODEX»
Умельцы убрали файлы «ODEX» из прошивки, прописав содержащуюся в них информацию внутрь файлов «APK», тем самым уменьшили размер прошивки и самое главное теперь сами «APK» файлы можно менять как угодно, на работу системы это роковым образом не влияет. Вот это называется деодексирование.

Плюсы одексированной прошивки (там, где с файлами odex): Недостаток такого решения — невозможность кастомизации (изменения) интерфейса (картинки, шрифты, и пр.). Скорость работы Dalvik VM и больше свободного места в телефоне. Одексирование само по себе является оптимизацией того самого java кода под конкретный процессор/устройство.
Плюсы деодексированной (там, где файлы odex спрятаны в apk):корректная работа Titanium Backup (он не бэкапит файлы odex). Можно запросто открыть архиватором APK-файл, поменять в нём ресурсы (картинки и т.п.) и вернуть изменённый файл на место в прошивку.

Zipalign — Это специальная оптимизация хранения данных в архиве, специфичная только для ОС Android, которая позволяет более эффективно использовать память.